NavMeshBuildSettings.agentHeight

Высота агента для запекания в мировых единицах.

NavMesh будет удален из зон с потолком ниже этой высоты. Процесс постройки делает некоторое квантование, так что убедитесь, что пространства, которые вы собираетесь сделать проходимыми, имеют некоторое дополнительное пространство для головы.